Botaniska trädgårdens orangeri ligger i Linneanum, uppfört för pengar som Gustav III donerade till Uppsala Universitet i slutet av 1700-talet. Som sådant är det ett av få orangerier i Sverige som fortfarande är i bruk enligt det syfte de byggts för. Orangeriet renoverades till Linnéjubileet 2007 och står öppet för allmänheten. Förutom en kaktussamling på över 800 kaktusar (där en pelarkaktus på knappt 300 år som vårdats av Carl von Linné ingår) kan besökare även beskåda "typiska" orangeriväxter som apelsin- och olivträd.